监理工程师离职后，其注册监理工程师证书并不会自动注销，需要由个人提出申请后，再由企业提交到部级进行审批。具体分析如下：

一. 注册监理工程师证书的注销流程

1. 个人提出申请：根据福建省住房和城乡建设厅的回复，注册监理工程师的注销需由个人首先提出申请。这是注销流程的第一步，也是必要的一步。
2. 企业提交到部级审批：在个人提出申请后，企业需要将该申请提交到部级进行审批。这是注销流程的第二步，也是最后一步。

二. 关于离职后是否必须注销证书

• 离职本身并不直接导致注册监理工程师证书的注销。是否注销，取决于个人和企业的决定。
• 如果个人决定不再从事监理工程师的工作，或者企业希望注销该证书，那么就需要按照上述流程进行注销。

三. 特殊情况处理

• 如果监理工程师离职后，因个人问题迟迟未配合系统扫脸变更转出，企业无法直接提交注销申请到部级。这种情况下，企业需要与个人沟通，促使其按照流程提出注销申请。

我建议，如果监理工程师离职后不再从事相关工作，或者企业有注销证书的需求，应尽快按照流程进行注销，以避免可能的法律风险和纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。