离职后，若公司不配合注销监理工程师证书，您可以通过以下途径处理：

一. 与公司协商

1. 尝试沟通：首先，您可以再次尝试与公司进行沟通，明确表达您的离职意愿以及需要公司配合注销监理工程师证书的需求。有时候，简单的沟通就能解决问题。
2. 了解注销流程：同时，您可以向相关部门或机构了解监理工程师证书的注销流程，确保自己清楚整个流程中公司的角色和义务。

二. 向相关部门投诉

1. 确定投诉部门：如果公司拒绝配合，您可以向当地的人力资源和社会保障局、住房和城乡建设部门等相关机构进行投诉。这些部门通常负责监管职业证书的注册和注销。
2. 提交投诉材料：在投诉时，您需要准备相关证据材料，如离职证明、与公司沟通的记录等，以证明公司的不配合行为。

三. 法律途径

1. 考虑法律诉讼：如果上述途径均无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。您可以向法院提起诉讼，要求公司配合注销监理工程师证书。
2. 寻求法律援助：在提起诉讼前，您可以咨询专业律师（如我），了解具体的法律程序和诉讼要求，以确保您的诉讼能够顺利进行。

我建议：在采取任何行动之前，最好先与公司进行充分的沟通，并尝试通过协商解决问题。如果沟通无果，再考虑向相关部门投诉或采取法律途径。同时，请确保您保留了所有相关的证据材料，以便在需要时提供证明。如有进一步需要，您可以继续咨询我。