非法吸收公众存款罪没收财产的执行部门是人民法院。

在我国，没收财产的刑罚是由人民法院负责执行的。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，没收财产是没收犯罪分子个人所有财产的一部或者全部。没收全部财产的，应当对犯罪分子个人及其扶养的家属保留必需的生活费用。在判处没收财产的时候，不得没收属于犯罪分子家属所有或者应有的财产。

对于非法吸收公众存款罪，如果法院在判决中确定了没收财产的刑罚，那么该刑罚将由人民法院负责执行。执行过程中，法院会依法对犯罪分子的财产进行清查、评估，并按照判决确定的范围进行没收。

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