在公司关闭一个店铺且该店铺使用独立公司名称和法人的情况下，员工的权益处理需根据具体情况进行。以下是对员工可能面临的情况及应对建议的详细分析：

1. 劳动合同关系：

   • 合同继续履行：若关闭的店铺员工与其他两个店铺无直接劳动合同关系，且其劳动合同中未明确约定店铺关闭时的处理方式，则员工可能面临失业风险。但在此之前，公司或法人应提前与员工沟通，协商解决方案。
   • 合同解除与补偿：若公司决定解除与员工的劳动合同，应根据相关法律法规支付经济补偿金，具体数额依据员工在公司的工作年限、工资水平等因素确定。

2. 社会保险与公积金：

   • 公司应确保为员工足额缴纳社会保险和公积金至劳动合同解除或终止之日。若因公司原因导致社保或公积金断缴，公司应承担相应责任。

3. 失业登记与待遇：

   • 员工在失业后，应及时到当地劳动和社会保障部门进行失业登记，以便享受失业保险待遇。具体待遇标准由当地政策决定。

4. 劳动争议处理：

   • 若员工与公司就劳动合同解除、经济补偿等问题产生争议，员工可通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径维护自身权益。在此过程中，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、工作记录等。

5. 员工安置与转岗：

   • 公司可考虑将关闭店铺的员工安置到其他两个店铺工作，或提供转岗机会。这有助于减少员工失业风险，同时维护公司形象。

综上所述，公司关闭一个店铺时，应妥善处理员工的劳动合同关系、社会保险与公积金、失业登记与待遇等问题。员工也应积极了解自身权益，通过合法途径维护自身利益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。