如果商家缺货让你申请仅退款而你不同意，商家可能会采取进一步措施，但具体需根据合同约定和法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：

一. 商家缺货的责任

• 商家缺货无法发货，通常构成违约行为。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，商家应当承担相应的违约责任。

二. 你的不同意与商家的可能应对

1. 协商：商家可能会继续与你协商，提出其他解决方案，如延期发货、替换商品等。
2. 坚持仅退款：如果商家坚持要求你仅退款，而你不同意，商家可能会依据合同中的相关条款，如“缺货时商家有权取消订单并退款”等，来支持其立场。
3. 法律途径：在协商无果的情况下，商家可能会选择通过法律途径解决争议，比如提起民事诉讼，要求法院确认其仅退款的决定是合法的。

三. 你的权益保护

• 如果你认为商家的行为侵犯了你的合法权益，你也可以选择通过法律途径来维护自己的权益。比如，你可以根据《中华人民共和国民法典》中关于合同违约和侵权责任的规定，向法院提起诉讼，要求商家承担违约责任或赔偿损失。

四. 我的建议

• 协商优先：我建议首先尝试与商家进行协商，看是否能达成双方都能接受的解决方案。
• 保留证据：在协商过程中，务必保留好所有与商家的沟通记录、订单信息等证据，以备不时之需。
• 法律维权：如果协商无果，且你的权益确实受到了侵害，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。