在民法典中，并没有直接规定部门拒绝协商工程款的法律依据。然而，我们可以从民法典的相关条款中，推导出一些可能适用于此类情况的原则和规定。
首先，需要明确的是，工程款纠纷通常属于合同纠纷的范畴，因此，民法典中关于合同的相关规定是处理此类纠纷的基础。在民法典中，合同是双方意思表示一致的产物，双方应当遵循诚实信用原则，按照约定履行自己的义务。
如果部门拒绝协商工程款，这可能违反了民法典中关于合同履行和诚实信用原则的规定。具体来说：
合同履行原则：民法典规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果部门作为合同的一方，拒绝协商或履行支付工程款的义务，那么这就构成了对合同履行的违反。
诚实信用原则：民法典还规定，当事人在履行合同过程中，应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。如果部门在协商工程款时缺乏诚意，或者故意拖延、拒绝协商，那么这也可能违反了诚实信用原则。
在处理此类纠纷时，建议首先尝试通过协商的方式解决。如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。例如，可以向人民法院提起诉讼，要求部门履行支付工程款的义务，并承担相应的违约责任。
总之，虽然民法典中没有直接规定部门拒绝协商工程款的法律依据，但我们可以从民法典的相关条款中推导出一些可能适用于此类情况的原则和规定。在处理此类纠纷时，应当遵循民法典的相关规定和精神，维护合同的严肃性和当事人的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。