员工档案在民营企业中通常不会被有意撤销。针对这个问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 民营企业的档案管理权限
档案管理规定：根据《中华人民共和国档案法》的相关规定，机关、团体、企业事业单位和其他组织应当确定档案机构或者档案工作人员负责管理本单位的档案。然而，民营企业在实际操作中通常不具备直接管理员工人事档案的权限，这是因为人事档案涉及到个人身份、学历、工作经历等敏感信息，其管理需要遵循更为严格的规定。
委托管理：对于民营企业而言，员工的个人档案一般应当委托给当地的人社局或者具有档案管理权限的人才交流机构进行管理。这样做的好处是，这些机构可以提供专业的档案管理服务，确保员工个人档案的真实性和完整性。
二. 员工档案的处理方式
员工离职后的档案处理：通常情况下，民营企业员工辞职后，档案的处理方式包括自行保管、转递至新单位、存入人才市场或档案馆，以及在某些情况下可能会销毁。但销毁档案的情况较为特殊，通常发生在档案中包含的信息已经过时或不再需要时，且需要符合相关法律法规和规定。
企业无权扣留或撤销档案：根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。因此，民营企业无权扣留或撤销员工的档案。
三. 撤销档案的后果
法律责任：如果民营企业违规自行保留或撤销员工档案，可能会面临法律责任。这包括可能因违反档案管理规定而受到的行政处罚，以及因侵犯员工档案权益而引发的民事赔偿责任。
对员工的影响：档案是员工个人经历和资质的重要证明，对于员工的职业发展、社保办理、退休手续等方面都具有重要作用。如果民营企业撤销员工档案，将对员工的合法权益造成损害。
综上所述，员工档案在民营企业中通常不会被有意撤销。民营企业应当遵守相关法律法规和规定，妥善管理员工档案，确保员工的合法权益不受损害。如有任何关于员工档案的问题或疑虑，建议员工及时与所在民营企业的人力资源部门或相关部门进行沟通，并咨询当地的人才市场、档案馆或劳动就业部门以获取更准确的指导和建议。