针对你提出的问题，关于高二学生盗窃同学手机，鉴定价值3900元，且已赔偿但对方不谅解的情况，以下是我的分析：
核心结论：
- 刑事责任：由于涉案金额3900元，已达到盗窃罪的立案标准，若该学生年满16周岁，则可能面临刑事责任。赔偿虽已进行，但不影响刑事责任的追究，除非取得被害人谅解并达成刑事和解。
- 民事责任：赔偿是民事责任的一部分，即使赔偿完成，若被害人仍不谅解，不影响民事赔偿的效力，但可能影响双方关系的修复。
- 后续处理：建议积极与被害人沟通，寻求谅解；同时，若面临刑事责任，应配合司法机关调查，并考虑聘请律师进行专业辩护。
详细分析：
刑事责任方面：
- 根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，盗窃公私财物，数额较大的（一般指1000元至3000元以上，具体标准由各地法院根据经济发展情况确定），即构成盗窃罪。本案涉案金额3900元，已达到立案标准。
- 若该学生年满16周岁，则应对其盗窃罪行为承担刑事责任。赔偿虽可体现悔罪态度，但并不能直接免除刑事责任。
- 若能取得被害人谅解并达成刑事和解，可能有助于减轻或免除刑事处罚，但这需要被害人自愿并明确表示谅解。
民事责任方面：
- 赔偿是民事责任的主要承担方式之一。本案已赔偿，说明该学生已承担了一定的民事责任。
- 然而，民事赔偿并不等同于被害人必须谅解。被害人有权根据自己的感受决定是否谅解，赔偿不影响其这一权利。
- 若被害人坚持不谅解，不影响民事赔偿的效力，赔偿金额也不因此发生变化。
后续处理建议：
- 积极与被害人沟通，表达诚挚的歉意和悔罪态度，寻求被害人的谅解。这有助于修复双方关系，也可能对刑事责任的处理产生积极影响。
- 若面临刑事责任，应配合司法机关的调查和处理，如实陈述事实，不得隐瞒或歪曲。
- 考虑聘请专业律师进行辩护，律师可以提供专业的法律意见和帮助，确保合法权益得到保护。
综上所述，高二学生盗窃同学手机并赔偿后，若对方不谅解，仍可能面临刑事责任。建议积极与被害人沟通寻求谅解，并配合司法机关处理。若有进一步法律问题，可直接向我咨询。