单位未代扣个税，单位应当补缴，且该行为不合法。具体分析如下：

一. 单位未代扣个税的处理

1. 单位责任：根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，单位作为扣缴义务人，有责任每月或者每次预扣、代扣税款，并在次月十五日内缴入国库。如果单位未履行这一义务，即未代扣个税，那么单位需要承担补缴的责任。
2. 补缴流程：单位应当尽快与税务机关联系，了解补缴的具体流程和要求，然后按照规定的时间和方式将未代扣的个税补缴至国库。

二. 单位未代扣个税的合法性

1. 不合法性：单位未代扣个税的行为违反了《中华人民共和国个人所得税法》的规定。该法明确规定单位有代扣代缴个税的义务，未履行这一义务即构成违法行为。
2. 法律后果：如果单位未代扣个税且未及时补缴，可能会面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。同时，这也可能影响单位的信誉和声誉，对其未来的经营和发展产生不利影响。

综上所述，单位未代扣个税时，应当尽快补缴，并且该行为是不合法的。我建议单位务必重视个税的代扣代缴工作，确保按时足额缴纳税款，以避免不必要的法律风险和损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。