针对“员工没按规定合法入职怎么处理”的问题，首先需明确的是，员工未按规定合法入职可能涉及多方面的法律问题，包括但不限于劳动合同法的违反、社保缴纳的不合规等。以下是从几个关键角度给出的处理建议：

1. 立即核实并纠正入职流程：

   • 首先，应立即核查该员工的入职手续，明确哪些环节未按规定执行。
   • 对于缺失或不合规的部分，应尽快与员工沟通，要求其补充或更正相关材料。
   • 如需，可重新组织入职流程，确保所有步骤均符合法律法规要求。

2. 评估法律风险与责任：

   • 分析员工未合法入职可能给公司带来的法律风险，如劳动仲裁、社保稽查等。
   • 根据风险评估结果，制定相应的应对措施，如与员工协商补签劳动合同、补缴社保等。
   • 如涉及重大法律风险，应及时咨询专业律师（在此情况下，即我本人），以获取更具体的法律建议。

3. 加强内部管理：

   • 审查并优化公司的入职流程，确保未来所有员工的入职均符合法律法规。
   • 加强对人力资源部门员工的培训，提高其法律意识和业务水平。
   • 建立定期自查机制，及时发现并纠正入职流程中的问题。

4. 与员工沟通并妥善处理：

   • 与员工进行坦诚沟通，解释公司对于合法入职的重视和必要性。
   • 在确保公司合法权益的同时，也尽量考虑员工的合理诉求和感受。
   • 如双方无法达成一致，应依法处理劳动争议，避免激化矛盾。

综上所述，处理员工未按规定合法入职的问题需要综合考虑多个方面，包括核实入职流程、评估法律风险、加强内部管理和与员工沟通等。如有任何具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。