针对您提出的“行政处罚案件超过了强制执行期限怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，如果行政处罚案件已经超过了强制执行期限，那么行政机关原则上无法再继续向法院申请强制执行。这意味着，通过法院强制执行的公权力保障已经丧失。

然而，即使超过了强制执行期限，行政机关仍然可以尝试与被处罚者进行协商沟通。通过协商，可以促使被处罚者主动履行相关义务，从而达成行政处罚的目的。当然，这种协商并不具有强制力，需要依赖于被处罚者的自觉和配合。

如果协商无果，且被处罚者的行为并未构成犯罪，那么行政机关可能面临无法进一步采取法律手段的情况。此时，行政机关应深刻反思并总结经验教训，加强对行政处罚执行期限的管理与监督，以防止类似情况再次发生。

另外，值得注意的是，如果行政处罚案件涉及的行为涉嫌构成犯罪，那么行政机关可以考虑将该案移交至司法机关进行处理。通过刑事诉讼程序，可以追究被处罚者的法律责任，从而维护社会的公正和秩序。

综上所述，对于已经超过强制执行期限的行政处罚案件，行政机关应尝试与被处罚者进行协商沟通，促使其主动履行相关义务。同时，应加强对行政处罚执行期限的管理与监督，防止类似情况再次发生。如果案件涉及犯罪行为，应移交司法机关进行处理。