针对您提出的“行政公益诉讼案件没有起诉案件怎么整改取得成效”的问题，以下是一些具体的建议和步骤，以帮助行政机关在面临此类情况时有效整改并取得成效。

一、明确整改目标和方向

首先，行政机关需要明确整改的目标和方向。这包括了解公益诉讼的具体内容、检察建议的具体要求以及公益受损的实际情况。通过深入分析这些问题，行政机关可以制定出针对性的整改措施。

二、制定详细的整改计划

在明确整改目标和方向后，行政机关应制定详细的整改计划。这包括确定整改的具体步骤、时间表、责任人和所需资源等。整改计划应具有可操作性和可衡量性，以确保整改工作的顺利进行。

三、积极落实整改措施

制定整改计划后，行政机关需要积极落实各项整改措施。这包括但不限于：

1. 加强监管：加大对违法行为的监管力度，确保类似问题不再发生。
2. 完善制度：建立健全相关制度，规范行政行为，防止类似问题再次出现。
3. 加强宣传：通过加强宣传和教育，提高公众对公益保护的认识和意识。
4. 引入第三方评估：邀请第三方机构对整改效果进行评估，确保整改工作的客观性和公正性。

四、加强与检察机关的沟通与合作

在整改过程中，行政机关应加强与检察机关的沟通与合作。这包括：

1. 及时反馈：定期向检察机关反馈整改工作的进展情况和存在的问题。
2. 接受监督：主动接受检察机关的监督，确保整改工作的合法性和合规性。
3. 共同评估：与检察机关共同对整改效果进行评估，确保整改工作取得实效。

五、持续跟踪与回访

整改工作完成后，行政机关应持续跟踪与回访，确保整改效果得到长期保持。这包括：

1. 建立长效机制：建立健全长效机制，确保类似问题不再反弹。
2. 定期回访：定期对整改地点进行回访，检查整改效果是否得到保持。
3. 及时处理问题：如果发现整改效果出现反弹或新问题出现，应及时处理并向上级报告。

六、总结与提升

最后，行政机关应对整改工作进行总结与提升。这包括：

1. 总结经验：总结整改工作中的成功经验和不足之处，为今后的工作提供参考。
2. 提升能力：通过整改工作提升行政机关的执法能力和管理水平，更好地履行公益保护职责。

综上所述，行政公益诉讼案件没有起诉并不意味着整改工作的结束。相反，行政机关应以此为契机，积极落实整改措施，加强与检察机关的沟通与合作，持续跟踪与回访，确保整改工作取得实效并长期保持。