针对您提出的“合同中部分条款无效，不是真实意思表示”的问题，我可以从以下几个方面为您详细解答：
一、核心结论
合同中部分条款无效，确实可能因为这些条款并非当事人的真实意思表示，或者违反了法律、行政法规的强制性规定，或存在其他法定无效情形。但这并不意味着整个合同都无效，而是仅影响那些被认定为无效的条款。
二、详细分析
无效条款的认定：
- 非真实意思表示：如果合同条款是当事人在受到欺诈、胁迫或乘人之危等情况下签订的，且这些条款并非其真实意愿的表达，那么这些条款可能被认定为无效。
- 违反法律法规：合同条款如果违反了法律、行政法规的强制性规定，如违反租金管制、交易限制等，也会被认定为无效。
- 其他法定无效情形：包括违背公序良俗、恶意串通损害他人利益、格式条款中的不公平条款等，都可能导致条款无效。
合同部分无效的法律后果：
- 无效部分不具有法律约束力：被认定为无效的合同条款，对当事人没有法律约束力，无需履行。
- 其他部分仍然有效：根据《民法典》第一百五十六条的规定，合同部分无效不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。当事人应继续履行有效条款所规定的义务。
- 返还财产或折价补偿：对于因无效部分而取得的财产，应当予以返还；不能返还或没有必要返还的，应当折价补偿。
- 赔偿损失：有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
处理建议：
- 识别并确认无效条款：双方当事人应积极沟通，识别并确认合同中的无效条款。
- 修改或删除无效条款：对于无效条款，可以采取修改或删除等措施进行处理，以确保合同的合法性和有效性。
- 继续履行有效条款：对于合同中其他合法且有效的条款，双方当事人应继续履行各自的义务。
三、实例说明
假设在一份房屋买卖合同中，双方约定了违反国家关于房价管制的条款，如约定房价远高于市场价。这一条款可能因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效。但合同中关于房屋交付时间、付款方式等其他条款若合法，则仍然有效，双方应继续履行。
综上所述，合同中部分条款无效并不意味着整个合同都无效。在处理此类问题时，应仔细审查合同条款，识别并确认无效条款，然后采取相应措施进行处理，以确保合同的合法性和有效性。同时，对于合同中其他合法且有效的条款，双方当事人应继续履行各自的义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。