公司不配合员工工伤认定，确实有可能负刑事责任。具体分析如下：

1. 行政责任：

   • 根据劳动法相关规定，公司有义务依法为员工申报工伤。如果公司不配合员工的工伤认定申请，劳动行政部门有权责令其改正。
   • 若公司在规定期限内未改正，劳动行政部门可依法对其处以罚款，罚款金额通常为应报而未报的工伤医疗费的1倍至2倍。

2. 赔偿责任：

   • 公司不配合工伤认定会严重影响工伤认定和赔偿流程，导致员工不能及时获得赔偿。在这种情况下，原本应由工伤保险基金支付的赔偿项目，如一次性伤残补助金、工伤医疗费用等，都将由公司承担。
   • 若因公司延误导致员工治疗不及时，造成损失扩大，公司还需对这部分额外损失进行赔偿。

3. 刑事责任：

   • 如果公司故意阻挠工伤认定，且情节恶劣、构成犯罪，如以转移财产等方法逃避支付职工工伤赔偿，可能构成拒不支付劳动报酬罪，届时公司需要承担相应的刑事责任。

综上所述，公司不配合员工工伤认定不仅可能面临行政罚款和赔偿责任，还可能因情节恶劣而构成犯罪，承担刑事责任。因此，建议公司严格遵守劳动法规定，积极配合员工的工伤认定申请，以避免可能出现的法律风险和对员工权益的损害。如果员工遇到公司不配合的情况，可以通过劳动仲裁、行政复议等合法途径维护自身权益。