员工不配合公司审计，公司有权采取一系列措施，包括但不限于纪律处分、解雇甚至法律追究。具体来说：
公司内部纪律处分：
- 员工不配合审计可能违反了公司的内部规章制度，公司可以根据员工手册或相关纪律规定，对员工进行警告、罚款、降职、调岗等纪律处分。
解雇：
- 如果员工的不配合行为严重到影响了公司的正常运营或审计工作的进行，且经过多次沟通或纪律处分仍无改观，公司有权根据劳动合同法的相关规定，以员工严重违反公司规章制度为由，解除与员工的劳动合同。
法律追究：
- 如果员工的不配合行为涉嫌违法，如提供虚假信息、隐瞒重要事实或破坏审计证据等，公司可以向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。若构成犯罪，员工将面临刑事责任的追究。
其他措施：
- 公司还可以考虑通过民事诉讼的方式，要求员工赔偿因不配合审计给公司造成的损失。
在处理员工不配合审计的问题时，公司应确保所有措施都符合法律法规的要求，避免侵犯员工的合法权益。同时，公司也应加强内部审计制度的完善，提高审计工作的透明度和公正性，以减少员工对审计工作的抵触情绪。
总之，员工不配合公司审计是一个严肃的问题，公司应根据具体情况采取合适的措施进行应对。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。