在劳务合同纠纷案中，如果用人单位以劳动者给用人单位造成严重损失为由提起民事诉讼，案由通常确定为“劳务合同纠纷”或“赔偿损失纠纷”。以下是对此问题的详细分析：
劳务合同纠纷：
- 劳务合同是劳动者与用人单位之间就劳务提供与报酬支付等事项达成的协议。当双方因劳务合同的履行、变更、解除或终止等发生争议时，即可构成劳务合同纠纷。
- 在本案例中，用人单位认为劳动者在履行劳务合同过程中给其造成了严重损失，这直接涉及到了劳务合同的履行问题。因此，用人单位以劳务合同纠纷为案由提起民事诉讼是合理的。
赔偿损失纠纷：
- 赔偿损失纠纷通常指因一方当事人的行为给另一方当事人造成财产损失，受损方要求赔偿而引发的纠纷。
- 在本案例中，用人单位主张劳动者给其造成了严重损失，这实际上是一种赔偿损失的主张。因此，用人单位也可以以赔偿损失纠纷为案由提起民事诉讼。
综上所述，用人单位以劳动者给用人单位造成严重损失为由提起民事诉讼时，案由可以确定为“劳务合同纠纷”或“赔偿损失纠纷”。这两个案由都直接关联到了用人单位与劳动者之间的劳务关系以及因劳务关系而产生的损失赔偿问题。在具体诉讼过程中，用人单位需要提供充分的证据来证明劳动者的行为确实给其造成了严重损失，并据此要求相应的赔偿。