针对您提出的问题，即“孩子患自闭症长期不给小孩治疗，在起诉变更抚养权后被告方才给小孩治疗，法院会如何裁决”，以下是我的详细分析：
首先，我们需要明确的是，抚养权的变更主要基于对孩子成长最有利的原则。法院在裁决抚养权变更时，会综合考虑多方面的因素，包括但不限于父母双方的经济条件、抚养能力、与孩子之间的情感联系，以及是否能为孩子提供稳定、健康的成长环境。
在您所描述的情况中，孩子患有自闭症，而被告方长期未给予治疗，这在一定程度上可能反映了被告方在照顾孩子、关注孩子健康方面的不足。然而，在起诉变更抚养权后，被告方开始给孩子治疗，这一行为虽然积极，但并不能完全消除之前的不当行为对孩子可能造成的影响。
法院在裁决时，可能会考虑以下几点：
被告方之前的行为：长期不给孩子治疗自闭症，可能表明被告方在抚养孩子方面存在疏忽或不足。这一行为可能对孩子造成长期的身心健康影响，法院会对此进行严肃考虑。
被告方的改变：虽然被告方在起诉后开始给孩子治疗，但这并不能完全弥补之前的不当行为。法院会评估这种改变是否真实、持久，以及是否足以保障孩子未来的健康成长。
原告方的抚养能力：法院还会考虑原告方是否具备更好的抚养能力，包括经济条件、照顾孩子的经验、与孩子的情感联系等。如果原告方能够提供更稳定、更健康的成长环境，那么法院可能会倾向于将抚养权判给原告方。
孩子的意愿：如果孩子的年龄和认知能力允许，法院也可能会考虑孩子的意愿。例如，如果孩子明确表示希望与某一方生活，那么这一因素也可能对法院的裁决产生影响。
综上所述，法院在裁决抚养权变更时，会综合考虑多方面的因素，并基于对孩子成长最有利的原则做出决定。虽然被告方在起诉后开始给孩子治疗是一个积极的改变，但并不能保证抚养权一定不会被变更。如果您正在面临类似的问题，建议您尽快咨询专业律师，以便更全面地了解您的法律权益和可能的法律后果。