关于“没经营的河道护栏缺失导致溺水死亡，责任由哪个部门负责”的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
溺水者自身责任：
- 如果溺水者是具有完全民事行为能力的成年人，且明知河道存在危险（如护栏缺失）仍擅自进入，导致溺水死亡，那么溺水者自身通常需要承担主要甚至全部责任。
河道管理部门责任：
- 河道管理部门是否承担责任，取决于其是否履行了相应的管理职责。
- 如果河道是野外河道，不属于向公众提供服务的场所，管理部门通常没有直接的安全保障义务。但如果河道存在特定安全隐患（如护栏缺失），且管理部门未设置警示标识或未及时修复防护设施，导致溺水事故，那么管理部门可能需承担一定的过错责任。
- 如果河道被用于商业性经营或存在其他特殊情况，管理部门的安全管理义务可能会相应增加。
特殊情况：
- 如果河道被承包用于商业性经营，承包人在承包期间具有安全管理义务。若承包人未尽到义务（如未修复护栏），导致溺水事故，则应承担相应的赔偿责任。
综上所述，没经营的河道护栏缺失导致溺水死亡的责任归属，并非简单地由某个部门承担，而是需要根据具体情况进行综合分析。如果溺水者自身存在过错，如明知危险仍擅自进入，那么溺水者自身将承担主要责任。如果河道管理部门或承包人存在过错，如未履行安全管理义务，那么他们也可能需承担相应的责任。
因此，在发生此类事故时，建议相关方及时咨询专业律师，以便根据具体情况进行责任认定和赔偿协商。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请随时向我提问。