在道路交通事故纠纷案件中，如果保险公司不同意调解，这确实是一个比较复杂的问题。首先，我们需要明确一点，根据《道路交通安全法》的规定，受害人有权直接向保险公司提出赔偿请求。但在实际操作中，有时会出现受害人只起诉加害人，而在法院调解结案后，保险公司对民事调解书不予认可的情况。
针对这种情况，首先要看保险合同的具体约定。保险合同是投保人与保险人之间约定保险权利义务关系的协议，双方应严格按照合同约定履行义务。如果保险合同中明确规定了理赔时需要提供的文件类型，比如要求提供法院的民事判决书或执行书，而民事调解书并不在列，那么保险公司依据合同拒绝理赔是有合理依据的。
然而，也需要注意到，法院的调解书是经过法院审判人员审核，并由双方当事人签名或捺印后生效的，它具有一定的法律效力。在某些情况下，法官可能会认为调解书与判决书具有同等的法律效力，保险公司应予以认可。但这种认可并不是绝对的，还需要看调解书的具体内容是否符合保险合同的约定。
如果保险公司不同意调解，并且拒绝赔偿，你可以采取以下措施：
检查保险合同：首先检查你的保险合同，看是否在保险责任范围之内。如果确实在保险责任范围内，而保险公司拒绝赔偿，那么你有权采取进一步行动。
向保险监督管理机构投诉：你可以向当地的保险监督管理机构投诉保险公司的行为。保险监督管理机构会对你的投诉进行调查，并可能给出相应的处理意见。
向法院提起诉讼：如果投诉无果，或者你对处理结果不满意，你可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据证明保险公司的拒赔行为是不合理的，以及你按照保险合同的约定有权获得赔偿。
此外，还需要注意交通事故理赔期限的问题。被保险人应在保险车辆修复事故处理结案之日起3个月内向保险公司提出理赔申请，或者自保险公司通知被保险人领取保险理赔款之日起1年内领取应得赔款，否则将视为自动放弃权益。
综上所述，处理这类问题时需要仔细审查保险合同的具体条款，了解保险公司的理赔规定，并根据实际情况采取合适的措施来维护自己的合法权益。