针对高速公路控制区内的历史违法建筑，处理方式主要遵循相关法律法规，并兼顾实际情况与民生考量。以下是对此问题的详细解答：
一、法律法规依据
《中华人民共和国公路法》：
- 第五十六条规定，除公路防护、养护需要的以外，禁止在公路两侧的建筑控制区内修建建筑物和地面构筑物。
- 第八十一条规定，违反本法第五十六条规定，在公路建筑控制区内修建建筑物、地面构筑物的，由交通主管部门责令限期拆除，并可以处五万元以下的罚款。逾期不拆除的，由交通主管部门拆除，有关费用由建筑者、构筑者承担。
《公路安全保护条例》：
- 第十一条规定了公路建筑控制区的范围，对于高速公路，从公路用地外缘起向外的距离标准不少于30米。
二、处理方式
调查与认定：
- 交通主管部门或相关执法部门首先会对违法建筑进行调查，包括建筑物的位置、大小、用途以及是否对公路安全构成威胁等。
- 根据调查结果，确定建筑物是否属于违法建筑，并评估其对公路安全和通行的影响。
责令改正与拆除：
- 对于确认的违法建筑，执法部门会依法向建筑者发出《责令改正通知书》，要求其限期拆除整改。
- 如果建筑者在规定期限内未自行拆除，执法部门将依法进行拆除，并可能处以罚款。拆除费用由建筑者承担。
沟通与协调：
- 在拆除过程中，执法部门会积极与建筑者进行沟通，解释法律法规和政策要求，争取其理解和配合。
- 对于涉及民生、营商环境等特殊情况的违法建筑，执法部门会采取更加灵活和人性化的处理方式，如分期拆除、临时封闭等。
免于行政处罚的情况：
- 如果违法建筑处于施工初始阶段，且建筑者按执法部门要求当场停止违法行为，并立即或在规定期限内清理拆除违法建筑物和构筑物，根据相关规定，可以免于行政处罚。
三、实际案例
- 如广州某房地产公司在机场高速建筑控制区违规设置围栏、大门等建构筑物，被执法人员依法责令拆除并立案查处。经过多次沟通与普法宣传，最终该公司完成了整改。
- 另一案例中，舒城县交通执法大队对在县道公路建筑控制区内擅自修建的建筑物的村民谢某下达了《责令改正违法行为通知书》，并要求其立即改正。谢某认识到错误后自行拆除了违法建筑物，并因此免于行政处罚。
四、总结与建议
- 高速公路控制区内的历史违法建筑应依法进行处理，以维护公路路产路权和保障人民群众生命财产安全。
- 在处理过程中，应注重沟通与协调，争取建筑者的理解和配合。
- 对于特殊情况或涉及民生问题的违法建筑，应采取灵活处理方式，确保既维护法律尊严又兼顾社会和谐稳定。