在行政诉讼立案后发现公安机关已经立案的情况下，处理方式主要取决于两个案件之间的关联性和性质。以下是我根据法律实务经验给出的详细解答：

1. 分析案件关联性：

   • 首先，需要仔细分析行政诉讼案件与公安机关立案的刑事案件之间的关联性。如果两者涉及的事实、证据或法律关系存在重叠或相互影响，那么处理方式将更为复杂。
   • 如果两个案件相互独立，无直接关联，则行政诉讼可继续按照法定程序进行，同时关注刑事案件的进展，以防可能出现的新证据或法律事实影响行政诉讼的结果。

2. 考虑案件性质：

   • 如果公安机关立案的是刑事案件，且该刑事案件与行政诉讼案件有直接关联，如行政诉讼涉及的行为可能构成犯罪，那么行政诉讼可能会因刑事案件的优先处理而暂时中止或延期审理。
   • 在此情况下，法院可能会等待刑事案件的审理结果，以便在行政诉讼中作出更为准确和公正的判决。

3. 法律程序与权利保障：

   • 无论两个案件是否关联，当事人在行政诉讼中的权利均不受影响。当事人有权继续参与行政诉讼的审理，包括提供证据、进行辩论等。
   • 同时，当事人也有权了解刑事案件的进展，并在必要时向法院申请调取相关证据或信息，以维护自己在行政诉讼中的合法权益。

4. 具体处理建议：

   • 建议当事人及时与法院沟通，了解两个案件的具体情况和处理进度。
   • 如果两个案件存在关联，当事人应积极配合法院的调查和审理工作，同时密切关注刑事案件的审理结果，以便在行政诉讼中作出相应的应对。
   • 在必要时，当事人可以寻求专业律师的帮助，以获取更具体的法律建议和支持。

综上所述，行政诉讼立案后发现公安机关已经立案的处理方式需根据案件的具体情况和性质来确定。当事人应保持与法院的沟通，密切关注案件进展，并在必要时寻求专业法律帮助。