在建筑工程领域，如果挂靠人与被挂靠人之间签订的内部合同被认定为无效，那么双方就无法按照原合同的约定来履行各自的权利和义务。针对这种情况，以下是一些建议来指导双方如何妥善处理：

一、明确合同无效的原因

首先，双方需要明确合同被认定为无效的具体原因。根据相关法律法规，合同无效可能由于挂靠行为违反了法律的强制性规定，如挂靠人不具备相应的施工资质，或者双方之间的约定违反了公平、公正原则等。

二、处理合同无效后的善后事宜

1. 停止合同履行：

   • 一旦合同被认定为无效，双方应立即停止按照原合同的约定进行履行，避免进一步的法律纠纷和损失。

2. 协商处理已履行部分：

   • 对于已经履行的部分，双方应协商处理。例如，如果挂靠人已经完成了部分工程，双方可以协商如何计算这部分工程的价款，并就被挂靠人已支付的款项进行结算。

3. 处理管理费问题：

   • 根据最高人民法院的相关判例，被挂靠人请求挂靠人按照案涉工程价款的一定比例支付管理费通常不予支持。因此，双方应就管理费问题进行协商，并寻求合理的解决方案。

4. 税费处理：

   • 对于因挂靠行为而产生的税费问题，双方应明确各自的责任和义务。如果税费已经产生，双方应协商如何分担这些税费。

5. 工程质量与验收：

   • 如果挂靠人已经完成了部分或全部工程，双方应关注工程质量问题。被挂靠人应确保工程质量符合相关标准，并协助挂靠人完成工程验收工作。

三、寻求法律途径解决争议

如果双方在协商过程中无法达成一致意见，或者存在其他法律纠纷，建议寻求法律途径解决争议。例如，可以向人民法院提起诉讼，由法院根据相关法律法规进行裁决。

四、总结与反思

最后，双方应总结这次挂靠行为的经验教训，并反思如何避免类似情况再次发生。对于被挂靠人来说，应加强对挂靠人的资质审核和管理；对于挂靠人来说，应提高自身的施工能力和法律意识，确保合规经营。

综上所述，当挂靠人与被挂靠人之间的内部合同被认定为无效时，双方应明确合同无效的原因，协商处理已履行部分和税费问题，关注工程质量与验收工作，并在必要时寻求法律途径解决争议。同时，双方也应总结这次经验教训，避免类似情况再次发生。