公司不填离职申请一般不会直接扣工资，但特定情况下可能会因员工离职未办理手续而给公司造成损失，公司有权依法扣减工资。以下是详细分析：

1. 公司无权扣工资的一般原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 《工资支付暂行规定》第九条也规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
   • 因此，员工提供正常劳动后，即享有获得劳动报酬的权利，公司不能以员工未办理离职手续为由，随意克扣其工资。

2. 公司有权扣工资的特殊情况：

   • 若员工未办离职手续擅自离职，给公司造成实际损失，如重要资料丢失等，公司可根据《工资支付暂行规定》第十六条，要求员工赔偿经济损失，并在规定范围内从工资中扣除。
   • 若员工违反竞业限制或保密协议，公司也可根据《劳动合同法》第二十三条，要求员工支付违约金，并从工资中扣除。

3. 劳动者权益保护途径：

   • 若公司无故扣发工资，劳动者首先可与公司协商，要求补发工资。
   • 协商无果时，可向劳动监察部门投诉，请求介入处理。
   • 劳动者还可提起劳动仲裁，通过法律途径解决争议。
   • 对仲裁结果不满的，劳动者可在规定时间内向人民法院提起诉讼。

综上所述，公司不填离职申请一般不会直接扣工资，但在特定情况下，如员工给公司造成损失或违反竞业限制、保密协议时，公司有权依法扣减工资。劳动者在离职时也应遵守相关法律法规和公司规章制度，以避免不必要的纠纷。若遇到公司无故扣发工资的情况，劳动者应依法维护自己的权益。