如果员工在工作期间先后遭遇两次工伤，每一次的工伤赔偿都会根据《工伤保险条例》进行。

首先，每次工伤后，都需要进行工伤认定和劳动能力鉴定，由劳动能力鉴定委员会确定伤残等级。社保基金会根据这个等级来赔偿每次工伤的费用。这包括但不限于治疗和康复费用、住院伙食补助费、异地就医的交通食宿费、辅助器具费等。如果工伤导致了伤残，还会有一次性伤残补助金。

其次，如果职工在工伤后选择解除或终止劳动合同，社保基金会支付一次性工伤医疗补助金，同时，用人单位也需要支付一次性伤残就业补助金。这两项补助金的数额会根据伤残等级标准来计算。

需要注意的是，虽然两次工伤的赔偿是相互独立的，但对于一些重复的项目，比如医疗费用，赔偿的总额应以实际损失为限。也就是说，如果两次工伤的医疗费用有重叠部分，那么这部分费用不会被重复赔偿。

总的来说，工伤赔偿是一个复杂且细致的过程，需要依据具体的工伤情况、伤残等级以及相关的法规进行。如果有任何疑问或争议，建议寻求专业的法律援助或咨询相关部门。