关于事业单位扣发工资年休假如何计算的问题，以下是根据相关法律法规和政策文件给出的详细解答：

一、正常带薪年休假期间的工资计算

事业单位职工在年休假期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入。这包括：

1. 基本工资：岗位工资和薪级工资在休假期间应全额发放。
2. 津贴和补贴：根据职务、级别和工作性质享有的津贴和补贴，在休假期间也应继续发放。
3. 奖金：如果单位有规定或合同约定在特定时间（如年终）发放与工作表现相关的奖金，这部分奖金在年休假期间应按约定发放，但与工作绩效直接挂钩的奖金可能会根据休假期间的实际情况进行调整。

二、未休年休假的工资报酬计算

若因工作需要不能安排职工休年休假，且经职工本人同意，单位需按照以下方式支付未休年休假的工资报酬：

1. 补偿标准：

   • 对职工应休未休的年休假天数，单位需按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。
   • 这包含用人单位已支付的正常工作期间的工资收入，因此实际额外支付的补偿为日工资的200%。

2. 日工资计算方法：

   • 日工资收入的计算方式为月工资收入除以月计薪天数（一般为21.75天）。
   • 月工资收入是指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。
   • 在本单位工作时间不满12个月的，按实际月份计算月平均工资。

三、相关法规依据

• 根据《职工带薪年休假条例》及其实施办法，事业单位应确保职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
• 《机关事业单位工作人员带薪年休假实施办法》也明确规定了年休假期间工资的计算方法和未休年休假的补偿标准。

四、实例说明

假设某事业单位职工月工资收入为6000元，则日工资收入为6000元÷21.75天≈275.86元。若该职工有5天年休假未休，单位除了正常支付这5天的工资外，还需额外支付的未休年休假工资报酬为275.86元×200%×5天=2758.6元。

综上所述，事业单位在扣发工资年休假时，应遵循相关法律法规和政策文件的规定，确保职工的合法权益不受损害。如有任何疑问或争议，建议及时咨询相关部门或专业律师以获取准确的法律意见和帮助。