二手商铺过户费的计算涉及多个方面，以下是根据您提供的信息整理出的详细计算标准：

一、主要税费

1. 契税

   • 通常根据交易价格的3%进行计算。不过，根据房屋面积和性质的不同，契税的税率也可能有所调整。例如，90平方米以下的商铺契税税率为1%，90平方米以上144平方米以下的商铺契税税率为1.5%，而144平方米以上的非普通住宅契税税率为3%。

2. 增值税

   • 若商铺购买时间未满两年，将按照交易价格的5.6%（一说为5.5%）进行征收。
   • 若商铺购买时间已满两年，则无需缴纳增值税。

3. 个人所得税

   • 可以选择按照交易差价的20%或者交易价格的1%来进行计算。
   • 如果房产证满五年且是唯一一套住房，可以免征个人所得税。

4. 土地增值税

   • 这部分费用是按照增值额的一定比例进行计征的，具体比例根据增值额的大小而定。

5. 印花税

   • 税率为交易价格的0.05%。需要注意的是，90平方米以上的商铺才需要缴纳印花税。

二、其他费用

1. 土地交易服务费

   • 通常为3元每平方米。

2. 登记费

   • 一般为50元每人，但具体费用可能因地区而异。

3. 房产交易手续费

   • 由于各个地区的规定各有不同，因此具体的收费标准也会有所差异。

此外，还可能涉及到一些其他的费用，如测绘费、评估费等，这些费用的具体金额和计算方式也会因地区和具体情况而有所不同。

注意事项

• 过户费用的具体计算方式和金额都会受到商铺的具体情况（如地理位置、建筑面积、购买年限等因素）以及当地相关政策法规的影响。
• 在进行二手商铺交易时，建议咨询当地的房产交易机构或税务部门，以获取最准确、最权威的费用信息和计算方式。

综上所述，二手商铺过户费的计算是一个相对复杂的过程，需要综合考虑多个因素和费用项目。希望以上解答能够为您提供一些帮助。