在计算土地增值税时，房地产开发企业缴纳的印花税不得扣除，这一规定背后的原因主要基于以下几点：

结论前置

房地产开发企业在计算土地增值税时，印花税不得单独作为税金扣除，因其已计入管理费用并按比例统一扣除。

详细分析

1. 税种性质与核算方式：

   • 印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证（如合同、产权转移书据、营业账簿、权利许可证照等）所征收的一种税。
   • 房地产开发企业缴纳的印花税，按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，已列入管理费用核算。

2. 扣除规定：

   • 根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则，计算增值额的扣除项目包括取得土地使用权所支付的金额、开发土地的成本费用、新建房及配套设施的成本费用、与转让房地产有关的税金以及财政部规定的其他扣除项目。
   • 在与转让房地产有关的税金中，原本包括印花税。但《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）特别规定，对于房地产开发企业，其缴纳的印花税已列入管理费用，因此不得在计算土地增值税时单独扣除。

3. 政策连贯性与实际操作：

   • 尽管后续会计处理规定有所变化，如《增值税会计处理规定》（财会〔2016〕22号）将印花税等税费计入“税金及附加”科目，但这并未改变48号文关于印花税扣除的规定。
   • 在实务中，各地税务机关基本上依然按照48号文处理清算税金扣除事项，即印花税不得直接扣除。

总结

综上所述，房地产开发企业在计算土地增值税时，印花税不得单独扣除，这一规定源于印花税已计入管理费用并按比例统一扣除的会计处理方式。尽管会计规定有所变化，但相关税收政策并未调整，因此实务中仍遵循原规定。