在计算土地增值税时，房地产开发企业不单独扣除印花税。以下是对此结论的详细解释：

房地产开发企业

对于房地产开发企业而言，印花税已列入管理费用核算，不作为单独的税金项目扣除。这是因为土地增值税是对土地使用权转让及出售建筑物时的价格增值额征税，而印花税是对经济活动中的凭证征税，两者性质不同。在土地增值税的计算中，房地产开发费用（含管理费用、销售费用、财务费用）是按一定比例计算扣除的。若财务费用中的利息支出能按项目分摊并提供金融机构证明，则据实扣除（限额内）；否则，按取得土地使用权所支付金额与房地产开发成本之和的固定比例（5%或10%）计算扣除。在此扣除机制下，印花税已隐含在管理费用的按比例扣除中，因此不单独扣除，以避免重复扣除。

非房地产开发企业

对于非房地产开发企业，其在转让房产时的情况与房地产开发企业有所不同。非房地产开发企业在转让房产时，印花税未包含在其按比例扣除的项目中，因此可以作为与转让房地产有关的税金单独扣除。但需要注意的是，对于非房地产开发企业转让存量房（即二手房）的情况，根据部分地区的税收政策，印花税可能不被允许作为税金项目在土地增值税计算中扣除。这一点需特别注意，并建议咨询当地税务机构以确认具体政策。

综上所述，土地增值税计算中印花税的扣除问题需根据企业类型及税收规定具体判断。房地产开发企业因印花税已计入管理费用而不单独扣除，非房地产开发企业则可将其作为转让环节的税金单独扣除（但需注意部分地区对存量房转让的特殊规定）。如您在实际操作中遇到具体问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。