公司出售二手车时，需要缴纳的税种主要包括增值税、附加税（城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加）、企业所得税以及印花税。以下是对这些税种及其税务处理的详细解析：

一、增值税

增值税的缴纳根据公司纳税人身份和车辆购进时间的不同而有所差异。

1. 一般纳税人

   • 对于2008年12月31日前购进的二手车（未抵扣进项税额），按简易办法依3%征收率减按2%征收增值税。
   • 对于2009年1月1日后购进且已抵扣进项税额的二手车，销售时按适用税率13%征收增值税。
   • 特别规定：如果是从事二手车经销的纳税人，在2020年5月1日至2023年12月31日期间销售其收购的二手车，可以减按0.5%征收增值税。

2. 小规模纳税人

   • 小规模纳税人销售自己使用过的二手车，通常按简易办法依3%征收率减按2%征收增值税。
   • 但自2023年1月1日至2023年12月31日，小规模纳税人的应税销售收入可以减按1%征收率征收增值税。

二、附加税

附加税以实际缴纳的增值税额为计税依据，包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。

• 城市维护建设税：税率根据纳税人所在地不同而异，市区为7%，县城、镇为5%，其他地区为1%。
• 教育费附加：税率为3%。
• 地方教育附加：税率通常为2%。

三、企业所得税

公司出售二手车取得的收入，在扣除相关成本、费用和税金后，应计入企业的应纳税所得额，并按照企业所得税法的规定缴纳企业所得税，税率通常为25%。

四、印花税

公司出售二手车签订的合同属于“产权转移书据”，应按照合同金额的万分之五缴纳印花税。如果合同金额和增值税分开注明，则按不含增值税的合同金额确定计税依据；如果未分开注明，则以合同所载金额（含税金额）确定计税依据。

综上所述，公司在出售二手车时，需要根据自身纳税人身份、车辆购进时间及销售情况等因素，准确计算并缴纳各项税费。为确保税务处理的合规性和准确性，建议公司咨询专业的税务机构或律师进行详细的税务筹划和申报工作。