当员工因身体原因不能上夜班时，这是一个需要细致处理的问题，既关乎员工的健康权益，也涉及公司的运营需求。以下是一些建议来帮助解决这一问题：

首先，员工应详细了解自己的身体状况，并咨询专业医生以获取明确的医学建议。如果医生确实建议员工避免上夜班，那么员工应准备好相关的医疗证明，如诊断书、医嘱等，作为后续与公司沟通的依据。

接下来，员工应与公司的人力资源部门或直接上级进行坦诚的沟通。在沟通时，员工可以提交医疗证明，并详细解释自己的身体状况以及为何不能上夜班。同时，表达自己对工作的热爱和愿意在身体条件允许的情况下，通过其他方式为公司贡献力量的决心。

公司方面，在收到员工的申请和医疗证明后，应进行合理的评估。根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，公司有保障劳动者身体健康的义务。因此，公司应考虑员工的实际情况，尽量避免安排其上夜班。如果确实因运营需要无法调整，公司可以与员工协商，看是否有其他合适的岗位或工作时间安排。

在协商过程中，双方可以探讨一些可能的解决方案。例如，公司可以考虑调整员工的工作内容，使其更适合白天工作；或者提供必要的健康支持，如定期的健康检查、提供健康保险等；甚至可以考虑在员工身体康复后，再根据其意愿和身体状况重新安排工作。

如果公司未能与员工就夜班问题达成一致，且员工确实因身体原因无法上夜班，那么公司应依法处理这一问题。根据劳动法规定，公司不能因员工患病或不能胜任某项工作而直接解除劳动合同。如果公司违反了相关法律法规，员工有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

综上所述，当员工因身体原因不能上夜班时，双方应通过沟通、协商和依法处理来寻求合理的解决方案。公司应关注员工的身体健康，合理安排工作时间；员工也应积极配合公司的安排，共同促进和谐劳动关系的发展。