关于员工报销通行费是否必须有行程单的问题，这主要取决于您所在单位的具体报销规定以及相关的财务管理制度。一般来说，行程单作为出差或旅行过程中的一种重要凭证，对于证明员工的出行轨迹、费用发生情况等具有重要作用，因此在很多单位的报销流程中，行程单是必需的报销附件。

首先，从税务和财务管理的角度来看，行程单（特别是电子行程单）的推广使用有助于实现发票的电子化，提高报销的便利性和效率。如您所提到的，国家税务总局、财政部、民航局已经联合发布公告，在民航旅客运输服务领域推广使用全面数字化的电子发票——航空运输电子客票行程单。这意味着，在民航领域，电子行程单将成为未来报销的主要凭证之一。

其次，从单位内部管理的角度来看，行程单也是差旅费报销管理的重要环节。许多单位在差旅费报销规定中明确要求，出差人员必须提供包括行程单在内的相关凭证，以证明其出差费用的真实性和合理性。例如，在某些单位的差旅费报销通知中，会明确规定出差人员需要填写出差审批表，并提供包括行程单、住宿费发票等在内的相关凭证作为报销附件。

然而，也需要注意到不同单位之间的报销规定可能存在差异。有些单位可能对于某些类型的通行费报销并不严格要求提供行程单，或者在某些特殊情况下可以灵活处理。因此，在具体操作时，建议您先了解并遵循您所在单位的具体报销规定和财务管理制度。

综上所述，员工报销通行费是否必须有行程单，主要取决于您所在单位的具体报销规定以及相关的财务管理制度。为了确保报销的顺利进行，建议您在出差前及时了解并遵守相关规定，妥善保管好相关凭证，以便在报销时能够提供完整的报销材料。