在自己不知道怀孕的情况下上班流产了，公司是否有责任，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 公司可能承担责任的情况：

   • 如果流产是由工作环境中的有害物质、过度劳累、工作压力等职业性因素导致，且公司未履行相应的安全保障义务或对员工的健康状况关注不足，那么公司可能需承担一定责任。例如，在高温、噪音等恶劣工作环境下工作，可能增加流产风险，若公司未采取有效防护措施，就可能被认定有责任。
   • 如果流产是由于公司方面的过错，如工作场所存在安全隐患或公司未提供必要的劳动保护等造成的，公司同样需要承担相应责任。

2. 公司无需承担责任的情况：

   • 如果流产是员工自身身体原因，如固有疾病突发等导致的，与公司的工作环境或工作条件无关，那么公司通常无需承担责任。
   • 如果流产是突发的不可预见的意外事件所致，且公司对此没有过错，公司也无需承担责任。

3. 争议解决途径：

   • 如果对流产原因或公司是否应承担责任存在争议，员工可以先与公司进行协商，尝试达成赔偿协议。
   • 协商不成时，员工可以申请劳动仲裁，由仲裁委员会根据具体证据来判定公司是否需要担责以及承担责任的比例。
   • 如有必要，员工还可以通过诉讼途径来维护自己的合法权益。

综上所述，公司在员工流产事件中是否承担责任，取决于流产的具体原因以及公司是否存在过错。因此，建议员工在发生此类事件后，及时收集并保留相关证据，如医院诊断证明、工作环境照片等，以便在后续协商或仲裁过程中维护自己的权益。如果你对此类问题有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。