当单位发生安全事故时，部门主要负责人需要按照一系列明确的步骤来处理。以下是根据相关法律法规和参考信息整理的，部门主要负责人在单位发生安全事故后应进行的处理流程：
一、立即报告事故
及时报告：根据《中华人民共和国安全生产法》和《生产安全事故报告和调查处理条例》，单位负责人接到事故报告后，应当于1小时内向事故发生地县级以上人民政府安全生产监督管理部门和负有安全生产监督管理职责的有关部门报告。这是主要负责人的法定职责，必须严格履行。
如实报告：报告事故时，必须提供真实、准确的信息，包括事故发生的时间、地点、伤亡情况、初步原因等，不得隐瞒不报、谎报或者迟报。
二、组织抢救与防止事故扩大
迅速行动：主要负责人应立即组织抢救，采取有效措施防止事故扩大，减少人员伤亡和财产损失。
保护现场：在抢救过程中，要注意保护事故现场，防止破坏或毁灭有关证据。
三、配合事故调查
提供资料：主要负责人应积极配合事故调查组的工作，提供与事故有关的文件、资料、数据等，以便调查组能够全面了解事故情况。
接受询问：在事故调查过程中，主要负责人应接受调查组的询问，如实陈述事故相关情况。
四、承担法律责任
接受处罚：如果主要负责人未履行安全生产管理职责，导致发生生产安全事故，将依法受到处罚。处罚措施包括罚款、撤职、追究刑事责任等。
整改落实：事故发生后，主要负责人应组织对事故原因进行深入分析，制定整改措施并落实，以防止类似事故再次发生。
综上所述，当单位发生安全事故时，部门主要负责人应立即报告事故、组织抢救与防止事故扩大、配合事故调查，并依法承担相应的法律责任。这些步骤是确保事故得到妥善处理、保护人员生命财产安全、维护社会稳定的重要保障。