商铺房产证的税费收取涉及多个方面，以下是对相关费用的详细归纳：

一、办理房产证时的费用

1. 契税：

   • 契税费率为1.5%，根据商铺的成交价格或评估价值来计算。

2. 印花税：

   • 印花税率为0.1%，同样是基于商铺的成交价格或评估价值来征收。

3. 营业税（增值税）：

   • 如果商铺的房产证下发不满两年，需要交纳成交价格5.5%的营业税（现已改为增值税，但习惯上仍称为营业税）。
   • 对于已经满两年的商铺，如果是普通住宅则免交，非普通住宅则需要缴纳出售价格与购买价格差额部分的5.5%的营业税。

二、房产税

房产税是以房屋为征税对象，向产权所有人征收的一种财产税。对于商铺而言，其计算方式和税率如下：

1. 从价计征：

   • 计算依据：房产原值一次性减除10%至30%后的余值（具体扣除比例由省、自治区、直辖市人民政府确定）。
   • 税率：1.2%。
   • 计算公式：应纳税额 = 应税房产原值 × （1 - 扣除比例） × 1.2%。

2. 从租计征：

   • 计算依据：房产的租金收入。
   • 税率：一般为12%。但需注意，个人出租住房用于居住的情况，税率减按4%征收；企事业单位、社会团体等向个人出租用于居住的住房，也按4%的税率征收。对于非居住用途的商铺出租，则按12%的税率征收。
   • 计算公式：应纳税额 = 租金收入 × 税率（12%或4%，根据具体情况而定）。

三、其他注意事项

1. 纳税期限：

   • 房产税按年征收，分期缴纳。具体纳税期限由地方人民政府规定。

2. 纳税地点：

   • 房产税应在房产所在地缴纳。若房产分布在不同地点，则需分别向各房产所在地的税务机关申报纳税。

3. 免征范围：

   • 并非所有商铺都需缴纳房产税。例如，国家机关、人民团体、军队自用的房产，以及由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的房产等，均属于免征范围。

综上所述，商铺房产证的税费收取涉及多个方面，包括契税、印花税、营业税（增值税）以及房产税等。在实际操作中，建议纳税人务必准确理解并遵守相关法律法规和政策规定，确保合法合规地履行纳税义务。