商铺办理房产证，即进行非住宅类不动产登记时，需要缴纳的费用主要包括不动产登记费和证书工本费。下面我将为您详细解释这两项费用的具体标准和相关规定。

一、不动产登记费

• 收费标准：对于非住宅类不动产（如商铺），首次登记、转移登记、变更登记的收费标准为每件550元。
• 计费单位：不动产登记费是按件收取的，不以不动产的面积、体积或价款的比例为依据。一个不动产单元提出一项不动产权利的登记申请，并完成一个登记类型登记的即视为一件。

二、证书工本费

• 收费标准：核发一本不动产权属证书时，不收取证书工本费。但如果需要向一个以上不动产权利人核发权属证书，则每增加一本证书需加收10元的工本费。

三、收费优惠与减免

在某些特定情况下，可以享受不动产登记费的优惠或减免，例如：

• 小微企业（含个体工商户）申请不动产登记的，可以免收不动产登记费。
• 申请与房屋配套的车库、车位、储藏室等登记，如果不单独核发不动产权属证书，也可以免收不动产登记费。
• 因行政区划调整导致不动产坐落的街道、门牌号或房屋名称变更而申请变更登记的，同样免收不动产登记费。

四、缴费与注意事项

• 不动产登记费由登记申请人缴纳。如果是多个权利人共有（用）的不动产，登记费由共有（用）人共同缴纳，具体分摊份额需自行协商。
• 房地产开发企业不得将新建商品房办理首次登记的登记费，以及因提供测绘资料所产生的测绘费等其他费用转嫁给购房人承担。
• 不动产登记机构应严格执行收费公示制度，不得擅自增加收费项目、扩大收费范围、提高收费标准或加收其他任何费用。

综上所述，商铺办理房产证时需要缴纳的费用主要包括不动产登记费和可能的证书工本费（如果核发多本证书）。同时，也应注意是否满足某些优惠或减免条件，以便合理降低费用成本。