关于城市户口与农村户口结婚后离婚时房产的分割问题，这确实是一个相对复杂且需要根据具体情况来判定的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、房产分割的基本原则
在离婚案件中，房产的分割应遵循《中华人民共和国婚姻法》及其相关司法解释的规定。一般来说，房产分割应遵循公平、公正、合理原则，并考虑夫妻双方的实际情况，如子女抚养、经济能力、居住需求等。
二、农村自建房的分割
权属不明确时的处理：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》的相关规定，如果离婚时双方对尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋有争议且协商不成，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，而应根据实际情况判决由当事人使用。
- 待房屋取得完全所有权后，有争议的，可以另行向人民法院提起诉讼。
考虑子女抚养问题：
- 在处理农村自建房归属或使用时，法院可能会考虑子女的抚养问题。例如，如果婚生子女平时学习、生活在市区，且由女方抚养更为适宜，那么法院可能会判决农村自建房归男方居住使用，而市区商品房归女方居住使用。
自建房归一方所有，一方折价补偿另一方：
- 如果自建房权属明确，且双方同意，法院可能会判决自建房归一方所有，并由该方折价补偿另一方。折价补偿的金额通常根据双方报价的平均值或市场评估价值来确定。
三、商品房的分割
对于商品房的分割，一般遵循以下三种方案：
- 商品房售卖取得的价值，由双方平均分割；
- 商品房归一方所有，由一方折价补偿另一方；
- 双方约定将商品房过户在子女名下。
这三种方案各有利弊，具体选择哪种方案需要根据夫妻双方的实际情况和协商结果来确定。
四、其他注意事项
- 证据收集：在处理离婚房产分割问题时，证据的收集至关重要。双方应尽可能收集相关证据，如房产证、购房合同、付款凭证等，以证明自己的主张。
- 法律咨询：由于离婚房产分割问题涉及复杂的法律知识和程序，建议双方在处理此类问题时咨询专业律师的意见，以确保自己的合法权益得到保障。
综上所述，城市户口与农村户口结婚后离婚时房产的分割问题需要根据具体情况来判定。在处理此类问题时，应遵循公平、公正、合理的原则，并考虑夫妻双方的实际情况和协商结果。同时，双方也应积极收集证据并咨询专业律师的意见，以确保自己的合法权益得到保障。