在抚养费案件中，法定代理人是否可以作为申请执行人，这个问题需要从法律关系和实际操作两个层面来详细解答。

首先，从法律关系的本质来看，抚养费是为了保障未成年子女在生活、教育等方面的正常需求而设定的。因此，当需要通过法律途径申请执行抚养费时，未成年子女是权利主体，理应作为申请执行人。然而，由于未成年子女通常属于无民事行为能力人或限制民事行为能力人，他们无法独立进行民事活动，包括申请执行等法律行为。这时，法定代理人就扮演了至关重要的角色。根据法律规定，法定代理人可以代理未成年子女进行民事活动，包括申请执行抚养费。因此，在未成年子女作为申请执行人的情况下，法定代理人是可以代为申请执行的。

其次，在实际操作过程中，直接抚养子女的一方往往也会作为申请执行人出现。这是因为直接抚养方在日常生活中承担着照顾子女的重要责任，包括支付子女生活所需的各项费用。当非直接抚养方未按时支付抚养费时，直接抚养方为了保障子女的权益，会向法院申请强制执行。在这种情况下，虽然直接抚养方是申请执行人，但实际上他们是在代表未成年子女行使权利。因此，这并不与法定代理人作为申请执行人的情况相冲突。

此外，还有一些特殊情况需要注意。比如，当直接抚养方怠于行使权利导致子女权益受损时，未成年子女可以通过法定代理人代为申请执行；当直接抚养方死亡或丧失监护能力时，有负担能力的祖父母、外祖父母等近亲属也可以依法代位申请。这些情况都体现了法律对未成年子女权益的全方位保护。

综上所述，法定代理人在抚养费案件中是可以作为申请执行人的。他们既可以代表未成年子女行使权利，也可以在特定情况下直接作为申请执行人出现。无论是哪种情况，法律都充分保障了未成年子女的权益和利益。