针对您提出的“盗窃不起诉事业单位怎么处理”的问题，首先我们需要明确一点：盗窃行为不起诉后的处理，主要依据的是法律程序和相关规定，而并不直接涉及到事业单位的具体处理流程。不过，我可以根据您可能关心的方面，给出一些综合性的建议和信息。

一、盗窃不起诉的法律后果

1. 相对不起诉：

   • 当犯罪情节轻微，检察院可能会决定不起诉，此时刑事责任不再追究。
   • 但这并不意味着完全没有后续事宜，可能存在附带民事赔偿等需要当事人自行协商或通过民事诉讼来解决。

2. 存疑不起诉：

   • 因证据不足而作出的不起诉决定。
   • 在补充证据后，若符合起诉条件，检察机关仍可再次起诉。

二、对于事业单位员工的特殊处理

虽然法律程序对于所有人都是一致的，但事业单位员工若涉及盗窃行为，除了法律上的处理外，还可能面临单位内部的纪律处分。

1. 单位内部调查：

   • 事业单位可能会对员工进行内部调查，以了解事实真相。
   • 根据调查结果，单位可能会依据内部规章制度对员工进行相应处理。

2. 纪律处分：

   • 若员工确实存在盗窃行为，事业单位可能会依据其严重程度给予警告、记过、降职、撤职甚至开除等纪律处分。

3. 预防与教育：

   • 事业单位应加强对员工的法制教育和道德教育，预防类似事件的再次发生。
   • 同时，也可以考虑加强单位内部的安保措施，确保财产安全。

三、受害者的权益保障

1. 提起刑事自诉：

   • 若受害者认为不起诉决定有误，可自行向法院提起刑事自诉。

2. 要求民事赔偿：

   • 即便盗窃者未被刑事起诉，受害者仍有权要求其承担民事侵权责任，赔偿因盗窃行为遭受的财产损失。

综上所述，盗窃不起诉后的处理涉及多个方面，包括法律程序、单位内部纪律以及受害者的权益保障等。对于事业单位而言，除了遵循法律程序外，还应加强内部管理和员工教育，以维护单位的良好形象和秩序。同时，受害者也应积极维护自己的合法权益，通过法律途径寻求赔偿和正义。