一般情况下，新生儿三个月离婚后，孩子归母亲抚养。以下是对此结论的详细解释和法律依据：

1. 法律原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。这是因为在这个阶段，婴儿对母亲的依赖程度非常高，需要母亲的细致照顾，如哺乳等，以确保其健康成长。

2. 特殊情况：

   • 尽管原则上抚养权归母亲，但也存在一些特殊情况可能导致抚养权变更。例如，如果母亲患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，使得子女不宜与其共同生活；或者母亲有抚养条件但不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活；又或者因其他原因导致子女确不宜随母亲生活，法院可能会考虑将抚养权判给父亲。

3. 协商与诉讼：

   • 如果父母双方对抚养权归属能够协商一致，并且这种协商结果不会对子女的健康成长产生不利影响，那么可以按照协商结果确定抚养权归属。
   • 如果协商不成，双方可以向法院提起诉讼，由法院根据具体情况作出判决。在诉讼过程中，法院会综合考虑双方的抚养能力、抚养条件以及孩子的实际需要等因素来做出公正合理的判决。

4. 父亲的责任：

   • 值得注意的是，即使孩子归母亲抚养，父亲仍然需要承担相应的抚养费用和其他法律责任。这是法律规定的父母对子女的共同抚养责任，不因离婚而消除。

综上所述，新生儿三个月离婚后，孩子一般归母亲抚养，但在特殊情况下，抚养权可能归父亲或其他合适的监护人。如果双方对抚养权归属有争议，可以通过协商或诉讼来解决。在这个过程中，应充分考虑孩子的权益和实际需要，以及双方的实际情况和能力。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。