擅自改变设施农用地用途的问题，主要由自然资源主管部门会同农业农村主管部门负责管理。
分析说明：
设施农用地的定义与范围：
- 根据自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理的相关通知，设施农业用地包括农业生产中直接用于作物种植和畜禽水产养殖的设施用地。这涵盖了作物生产和为生产服务的看护房、农资农机具存放场所等，以及与生产直接关联的各类设施用地。
设施农用地的管理主体：
- 通知明确指出，市、县自然资源主管部门会同农业农村主管部门负责设施农业用地的日常管理。这意味着，对于擅自改变设施农用地用途的行为，应由这两个部门联合进行监管和处理。
设施农用地的使用与监管：
- 设施农业用地必须按照规定的用途使用，不得擅自改变。若需改变用途，应依法办理相关手续。
- 国家、省级自然资源主管部门和农业农村主管部门会通过各种技术手段进行设施农业用地监管，确保土地用途的合规性。
法律后果：
- 擅自改变设施农用地用途，可能会面临法律制裁，包括但不限于行政处罚、恢复原状、赔偿损失等。
- 若行为构成犯罪，还可能依法追究刑事责任。
行动建议：
- 若您或您所在的组织面临设施农用地用途变更的需求，请务必先咨询当地自然资源主管部门和农业农村主管部门，了解相关政策和程序。
- 遵守法律法规，确保土地用途的合规性，避免不必要的法律风险。
综上所述，擅自改变设施农用地用途的问题，应由自然资源主管部门会同农业农村主管部门负责管理。请务必遵守相关法律法规，确保土地用途的合法合规。