整个孕期不上班，公司一般不可以辞退员工，但特殊情况下可以。具体分析如下：

1. 一般情况下不可辞退：

   • 女性在孕期享有特殊的劳动保护，根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得随意解除劳动合同。
   • 只要孕妇能够提供合理、正当的请假手续，如医疗证明申请病假或产假，劳工部门应批准这些请求，用人单位不能以此作为解雇的借口。

2. 特殊情况下可以辞退：

   • 如果孕妇在未经允许的情况下私自停止工作，并且违反了用人单位内部的规章制度，如多次旷工或严重失职，给用人单位造成重大损害，用人单位有权按照规章制度进行纪律处分，甚至解除劳动合同。
   • 在这种情况下，用人单位需要确保处分过程充分考虑到孕妇的特殊情况，并确保公正性。同时，用人单位需要证明员工的行为符合解除条件且程序合法。

3. 法律后果：

   • 如果用人单位违法解除劳动合同，劳动者有权要求继续履行劳动合同，或者要求用人单位按照经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
   • 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

综上所述，整个孕期不上班的情况下，公司一般不可以辞退员工，但如果员工存在严重违反单位规章制度等法定过错情形，公司可以解除劳动合同。因此，建议孕妇在孕期期间尽量按照公司规定履行请假手续，并提供相关证明，以避免不必要的劳动纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。