针对物流公司驾驶员离职后发现其在职期间偷油的问题，公司可以采取以下措施来处理：
一、立即报警并配合调查
首先，公司应立即向当地公安机关报案，提供详细的证据材料，如监控录像、油罐车行驶记录、加油记录等，以协助警方开展调查。同时，公司应积极配合警方的调查工作，包括提供必要的证人证言、文件资料等。
二、内部自查与整改
审查油料管理制度：公司应全面审查现有的油料管理制度，查找是否存在漏洞或不足之处，特别是关于油罐车装油、运油、卸油等环节的管理规定。
加强监控与监管：确保油罐车安装有效的监控设备，并定期检查监控设备的运行状况。同时，加强对油罐车运输过程的监管，确保油料在运输过程中的安全。
完善损耗管理制度：针对油料在运输过程中的正常损耗，公司应制定更为严格的损耗管理制度，明确损耗范围和赔付标准，防止驾驶员利用损耗制度进行非法行为。
加强员工培训与教育：定期对驾驶员进行法律法规、职业道德和油料管理等方面的培训与教育，提高驾驶员的法律意识和职业素养。
三、追回损失与法律责任追究
追回损失：一旦查明驾驶员存在偷油行为，公司应尽快采取措施追回损失，包括向驾驶员索要赔偿、通过法律途径追讨等。
法律责任追究：根据相关法律法规，驾驶员的行为可能构成职务侵占罪或其他犯罪。公司应积极配合司法机关的工作，依法追究驾驶员的法律责任。
四、预防与长效管理机制
建立举报机制：鼓励员工积极举报偷油等违法行为，对举报人给予适当的奖励和保护。
加强内部审计与监督：定期对油料管理进行内部审计和监督，确保各项管理制度得到有效执行。
完善奖惩机制：对于遵守规章制度、表现优秀的驾驶员给予表彰和奖励；对于违反规章制度、存在违法行为的驾驶员则依法依规进行处理。
综上所述，物流公司驾驶员离职后发现其在职期间偷油的问题需要公司从多个方面进行处理和预防。通过加强内部管理、完善制度、追回损失以及建立长效管理机制等措施，可以有效遏制类似行为的发生并保障公司的合法权益。