您好，关于您提出的“补税低于400元为什么不能申请免申报”的问题，我为您详细解释一下相关的政策规定。

根据个人所得税法及其实施条例，以及国家税务总局的相关公告，对于年度综合所得收入不超过12万元或者补税金额不超过400元的纳税人，是免除其年度汇算义务的。这意味着，如果您的补税金额低于400元，在正常情况下，您是不需要办理个人所得税综合所得汇算清缴的，也即是可以享受免申报的待遇。

然而，这里需要注意的是，有一种特殊情况除外，那就是如果纳税人在取得综合所得时，存在扣缴义务人未依法预扣预缴税款的情况。在这种情况下，即使补税金额不超过400元，纳税人也不能享受免申报的待遇，而是需要按照规定办理年度汇算清缴。

因此，如果您的补税金额低于400元，但被告知不能申请免申报，可能是因为您的纳税情况存在上述特殊情形。建议您仔细核对自己的纳税记录，或者咨询当地的税务机关，以明确具体的纳税义务和操作流程。

总的来说，补税低于400元在正常情况下是可以享受免申报的，但特殊情况下可能需要办理年度汇算清缴。希望这个解答能够帮到您。