如果您已经提交了补税申请，但补税金额不超过400元，根据相关政策，您实际上是可以免于办理个人所得税综合所得汇算清缴的。具体来说，根据《财政部 税务总局关于延续实施个人所得税综合所得汇算清缴有关政策的公告》等相关规定，对于年度综合所得收入不超过12万元且需要汇算清缴补税，或者年度汇算清缴补税金额不超过400元的居民个人，是可以免于办理个人所得税综合所得汇算清缴的。
既然您已经提交了补税申请，税务机关可能会进行相应的处理。但考虑到您的补税金额不超过400元，符合免于办理的条件，您可以采取以下措施：
关注处理进度：您可以通过个税APP或其他官方渠道关注您的补税申请处理进度，了解税务机关是否已经或即将对您的申请进行处理。
与税务机关沟通：如果您担心已经提交的补税申请会带来不必要的麻烦，或者希望确认是否确实无需补税，您可以主动联系当地税务机关，说明您的情况，并询问是否需要撤销补税申请或进行其他操作。
保留相关证据：为了确保您的权益，建议您保留好与补税申请相关的所有证据，如提交申请的记录、税务机关的回复等。这样，在需要时您可以提供证明，确保自己的权益不受损害。
总的来说，虽然您已经提交了补税申请，但根据您的补税金额和相关政策，您实际上是可以免于办理个人所得税综合所得汇算清缴的。如果您有任何疑问或担忧，建议及时与税务机关沟通，以确保您的权益得到妥善处理。