关于食品营养素不合格如何处罚的问题，以下是我根据相关法律法规给出的详细解答：

结论前置：食品营养素不合格将面临严格的法律处罚，包括但不限于没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂，罚款，以及情节严重的吊销许可证等。

详细分析：

1. 轻微瑕疵的责令改正与罚款：

   • 依据《中华人民共和国食品安全法》（以下简称《食品安全法》）第一百二十五条第二款，若食品营养素标注存在轻微瑕疵，但不影响食品安全且不会对消费者造成误导，如字体印刷不清晰但内容可辨，县级以上人民政府食品安全监督管理部门将责令生产经营者改正；拒不改正的，将处二千元以下罚款。

2. 严重违规的没收与罚款：

   • 根据《食品安全法》第一百二十四条，对于食品营养素虚假标注等严重影响食品安全和消费者权益的行为，县级以上人民政府食品安全监督管理部门将采取更为严厉的处罚措施：没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂；可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款。

3. 情节严重时的吊销许可证：

   • 若情节特别严重，如持续违法或造成重大社会影响，将依法吊销相关许可证，这是最为严厉的行政处罚。

4. 其他相关规定：

   • 此外，《食品标识管理规定》也对食品标识（包括营养素标注）的真实性和准确性提出了要求。若不符合规定，县级以上地方质量技术监督部门将责令限期改正；逾期不改的，同样面临相应的罚款。

总结与建议：

食品生产经营者应严格遵守食品安全法规，确保食品营养素的标注真实、准确，以保障消费者的健康权益和市场的公平竞争。对于发现的违法行为，消费者和相关部门应及时举报和查处，共同营造安全、健康的食品消费环境。

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