当月上5天班后辞职，公司是否应当为员工缴纳这5天的社保费用是一个常见的问题。基于劳动关系的存在和法律规定，我们可以得出以下详细解答：
一、法律依据与缴纳义务
根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，并按时足额缴纳社会保险费。这表明，只要员工与公司存在劳动关系，无论时间长短，公司都负有缴纳社保的法定义务。因此，从法律严格意义上讲，即使员工仅工作5天就辞职，公司在这5天内仍有义务为其缴纳社保。
二、公司内部规定与法律法规的协调
尽管许多公司可能有内部统一的社保缴纳时间节点和规定，如每月15号前入职的员工当月缴纳社保等，但这些规定若未违反法律法规，且在员工入职时已明确告知，则可作为操作依据。然而，需要强调的是，公司内部规定不能凌驾于法律法规之上。如果公司规定与法律规定相冲突，应以法律规定为准。即，即便公司有内部规定，也不能免除其为在职员工缴纳社保的法定义务。
三、离职后的社保处理
员工离职后，用人单位应当在解除或终止劳动合同时出具相关证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。但这并不意味着公司可以免除为已工作天数缴纳社保的责任。社会保险费用由单位和个人共同承担，当月离职后，单位仍需按照员工本月出勤天数缴纳相应社保费用。
四、实际操作建议
沟通协商：员工在面临此类问题时，应首先与公司进行沟通协商，要求公司依法缴纳社保。
寻求法律途径：如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或仲裁机构通常会倾向于支持员工，要求公司补缴社保。
咨询专业机构：由于具体缴费情况可能因地区和公司政策而有所不同，建议员工咨询公司的人事部门或当地社保局以获取最准确的信息。
综上所述，当月上5天班后辞职，公司应当为员工缴纳这5天的社保费用。这是基于劳动关系的存在、法律规定以及保护员工权益的原则所确定的。员工在遇到相关问题时应积极维护自己的合法权益，并寻求合适的途径进行解决。