申请法院整体回避应当向有管辖权的上级法院提出。以下是对此问题的详细解答：

一、申请法院整体回避的提出对象

• 法院作为审判机关，应保持公正中立的立场。当出现可能影响案件公正审理，需要整个法院回避的特殊情形时，下级法院无法自行决定自身的回避与否。
• 因此，应由上级法院来审查决定是否应要求该法院整体回避。上级法院会根据具体的事实和证据，依据相关法律规定进行审查。

二、申请法院整体回避的处理方式

• 如果上级法院认定确实存在影响公正审判的因素，可能会作出相应的处理，如指定其他同级法院审理案件等。
• 这旨在确保审判的公正性，避免可能影响公正审判的因素干扰案件审理。

三、申请法院回避的提出时间

• 当事人申请法院回避，一般应在案件开始审理时提出。
• 如果回避事由在案件开始审理后才知道，也可以在法庭辩论终结前提出。
• 这一规定旨在保障当事人的诉讼权利，同时确保审判的公正性不受影响。

四、申请法院整体回避的法律效果

• 实际上，在回避制度中，通常是针对检察官、法官等司法工作人员的个人回避。
• 整体回避并非一个常规的法律概念，但如果申请整体回避且法院审查后认为自己确实没有管辖权，可以适用移送管辖或指定管辖的制度。

综上所述，申请法院整体回避是一个严肃且复杂的法律程序，需要向有管辖权的上级法院提出，并由其进行审查和处理。当事人应充分了解相关法律规定和程序要求，以确保自己的合法权益得到保障。