灵活就业社保和职工社保在基数和年限都相同的情况下，退休工资也可能存在差异，这主要由以下几个方面的因素决定：

一、缴费基数与退休金的关系

虽然题目设定了缴费基数相同，但值得注意的是，在实际操作中，灵活就业人员和职工的缴费基数往往存在差异。职工的缴费基数通常是根据其上一年度月平均工资收入来确定的，且存在上下限规定。而灵活就业人员的缴费基数则可以在当地规定的上下限范围内自由选择。这种差异在实际中可能导致两者虽然名义上基数相同，但实际缴费金额和累积的个人账户储存额有所不同，进而影响退休金。

不过，在题目设定的基数相同的情况下，我们可以暂时忽略这一差异，转而关注其他影响因素。

二、缴费年限与退休金的关系

缴费年限是影响退休金水平的重要因素之一。对于职工而言，只要正常就业，企业就有义务为其缴纳社保，因此缴费年限相对连续和稳定。而灵活就业人员由于工作不稳定、收入波动较大等原因，可能会出现断缴的情况，导致实际缴费年限较短。

在题目中，虽然设定了年限相同，但这一设定主要是基于理论上的假设。在实际操作中，灵活就业人员的缴费年限往往难以与职工相媲美。不过，既然题目已经设定了年限相同，我们同样可以暂时忽略这一差异。

三、退休政策与退休金的关系

退休政策也是影响退休金待遇的重要因素。部分地区对于女性灵活就业人员的退休年龄规定与女职工有所不同，这可能导致两者在相同缴费年限和缴费基数的情况下，由于退休年龄的不同而影响到退休金的金额。具体来说，晚退休的人员由于计发月数较小（即领取退休金的月份数较少），个人账户养老金会相对较高。

此外，还有一些地区可能针对特定群体有额外的补贴政策，这些政策也会影响最终的退休金待遇。然而，这些政策往往具有地域性和特定性，并不具有普遍性。

综上所述：

即使在基数和年限都相同的情况下，灵活就业社保和职工社保的退休工资也可能存在差异。这主要是由于退休政策（如退休年龄、补贴政策等）的不同所导致的。因此，在比较两者退休工资时，需要综合考虑多种因素，而不能仅仅基于基数和年限的相同就得出两者退休工资一样的结论。