当您申请退款后但仍然收到了商品，这确实是一个需要妥善处理的问题。以下是我为您提供的详细建议：

首先，明确退款协议的内容：

• 请您仔细查看您与卖家达成的退款协议，特别是关于商品退回的约定。
• 确定退款是否要求您退回商品，以及退款的具体条件。

接着，主动联系卖家：

• 出于诚信原则，您应立即通过购物平台的聊天窗口、客服电话或其他联系方式与卖家取得联系。
• 告知卖家您已收到货物的情况，并询问卖家的处理意见。

根据卖家的反馈进行处理：

1. 如果卖家要求退回商品：

   • 您需要配合卖家，确保商品的安全和完整性，并按照卖家提供的退货地址将商品寄回。
   • 通常情况下，卖家会承担退货运费，但请务必保留好物流单号等凭证，以防后续出现争议。

2. 如果卖家不要求退回商品：

   • 对于某些易损耗或价值较低的商品，卖家可能会选择不收回。
   • 在这种情况下，您可以与卖家协商是否需要支付费用保留商品，或者按照卖家的其他要求进行处理。

如果卖家未回应或沟通无果：

• 您可以向购物平台提出介入申请，详细说明情况并提交相关证据（如聊天记录、订单信息等）。
• 等待平台处理期间，请妥善保管商品，并了解相关法律法规，确保自身行为合法合规。

法律风险防范：

• 请注意，若您无合法依据继续占有商品，可能构成不当得利，需承担返还责任。
• 若卖家无法通过协商或平台介入解决问题，可能会提起诉讼。因此，务必保留好所有沟通记录和证据，以便在必要时维护自身权益。

综上所述，当您申请退款后但仍然收到商品时，应首先查看退款协议、主动联系卖家，并根据卖家的反馈进行处理。如果卖家未回应或沟通无果，可以向购物平台寻求帮助。在整个过程中，请务必保留好相关证据和凭证，以防后续出现争议。同时，了解相关法律法规也是保护自己免受侵害的重要一环。