背着女儿把房子过户给儿子的行为，其合法性和处理方式主要取决于房产的所有权归属。以下是根据不同情况给出的详细分析：

一、如果房子属于父母的财产

根据《中华人民共和国民法典》第二百四十条，所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。因此，如果该房子明确属于父母所有，他们作为所有权人，有权自由处分自己的房子，包括赠与给儿子。在这种情况下，背着女儿把房子过户给儿子是合法的，女儿无权干涉。

二、如果房子涉及家庭共有财产或夫妻共同财产

若房产是家庭成员共同出资购买或建造，或属于夫妻共同财产，则未经其他共有人（包括女儿）同意，父母擅自过户可能侵犯女儿的权益。根据民法典规定，处分共有的不动产需经占份额三分之二以上的按份共有人或全体共同共有人同意。在这种情况下，女儿可以：

1. 收集出资证明、家庭约定、证人证言等证据，证明自己对该房产的共有权；
2. 尝试与父母和儿子协商，要求重新审视过户问题，通过和平方式解决纠纷；
3. 协商不成时，可向人民法院提起诉讼，请求确认过户行为无效，恢复房产原有登记状态。

三、特殊情况：房产为遗产或部分遗产

如果房子是父母共同所有，且其中一方去世未留遗嘱，房子的一部分将作为遗产由法定继承人继承。此时，生存的一方无权单独处分整个房子。如果母亲背着女儿将房子过户给儿子，可能引发遗产纠纷，女儿有权维护自己的继承权益。

综上所述，背着女儿把房子过户给儿子的行为是否合法，取决于房产的所有权归属以及是否存在其他法律约束。女儿在发现此类情况时，应根据具体情况采取相应的法律措施来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。